南京大學(xué)是中國一所集教學(xué)和研究于一體的現(xiàn)代大學(xué),，其學(xué)脈可追溯自孫吳永安元年（258年）的南京太學(xué),，近代校史肇始于1902年籌辦的三江師范學(xué)堂,，先后歷經(jīng)多次變遷。1920年在中國國立高等學(xué)府中首開“女禁”,，引領(lǐng)男女同校之風(fēng),。

 很早在中國開展現(xiàn)代學(xué)術(shù)研究，建立中國很早的現(xiàn)代科學(xué)研究實驗室,，成為中國很早的以大學(xué)自治,、學(xué)術(shù)自由、文理為基本兼有農(nóng)工商等專門應(yīng)用科,、集教學(xué)和研究于一體為特征的現(xiàn)代大學(xué),。《學(xué)衡》月刊的創(chuàng)辦，使得南京大學(xué)成為中西學(xué)術(shù)文化交流的中心,，被譽(yù)為“東方教育的中心”,。1949年由民國時期中國特高學(xué)府“國立中央大學(xué)”易名“國立南京大學(xué)”，翌年徑稱“南京大學(xué)”,，沿用至今,。

南京大學(xué)是中國現(xiàn)代科學(xué)的發(fā)祥地，是哈佛大學(xué)白碧德主義影響下的中國“學(xué)衡派”的雅集地,，被譽(yù)為“中國科學(xué)社的大本營和科學(xué)發(fā)展的主要基地”,，被楊振寧稱贊為“中國不錯的大學(xué)”，也是“985工程”首批九所高水平大學(xué)中一個未合并其他院校的高校,，堅持“內(nèi)涵發(fā)展”,，保持“原汁原味”辦學(xué)優(yōu)勢與特色，贏得社會“中國溫和的大學(xué)”之美譽(yù),。

1950年10月10日,，接華東軍政委員會教育部通知，校名去 “國立”兩字而徑稱“南京大學(xué)”,。校長周鴻經(jīng)去職,，梁希擔(dān)任校務(wù)委員會主席。

1951年7月,，南京大學(xué)改校務(wù)委員會制為校長制,，潘菽任校長。這一階段,，學(xué)校根據(jù)“維持原有學(xué)校,，逐步進(jìn)行改善”的工作方針，通過一系列積極穩(wěn)妥的改革,，確立了社會主義辦學(xué)方向,，明確了教學(xué)與科研相結(jié)合的方針和民主集中制的領(lǐng)導(dǎo)體制,，為日后的發(fā)展奠定了基礎(chǔ),。

1952年7月進(jìn)行院系調(diào)整，南京大學(xué)調(diào)整出工學(xué),、農(nóng)學(xué),、師范等院系成立南京工學(xué)院、南京農(nóng)學(xué)院,、南京師范學(xué)院等院校以及組建有關(guān)院校相關(guān)系科,；保留文、理學(xué)院,，主要并入金陵大學(xué)文,、理學(xué)院，校址從四牌樓2號遷至鼓樓原金陵大學(xué)校址，成為文理綜合性大學(xué),。

1956年12月,，潘菽率心理系師生遷到北京組建中國科學(xué)院心理研究所，次年郭影秋接任校長,，1963年匡亞明任校長,。1966年文革爆發(fā)，教學(xué)工作受到破壞,，本科生停止招生6年,，研究生停止招生12年；當(dāng)時南京大學(xué)以被稱為曾是“國民黨反動派的高等學(xué)府”,、“國民黨的文化中心”等理由而受到特別的沖擊,。

1976年，南大在校師生率先發(fā)起旨在反對和結(jié)束文化大革命的南京三·二九事件”,，為四五運動的先聲,，南京反文革勢力運動，影響全國,。

1978年5月,，哲學(xué)系青年教師胡福明發(fā)表了《實踐是檢驗真理的標(biāo)準(zhǔn)》，引發(fā)全國真理標(biāo)準(zhǔn)問題大討論,，拉開了當(dāng)代中國思想解放的序幕,，推動了鄧小平領(lǐng)導(dǎo)開創(chuàng)的中國改革開放時代的到來。

1978年5月,，匡亞明復(fù)任校長,，1984年8月，曲欽岳任校長,。

1993年,，南京大學(xué)浦口校區(qū)投入使用。

1994年,，南京大學(xué)被確定為國家“211工程”重點支持的大學(xué),。

1999年，南京大學(xué)進(jìn)入國家“985工程”首批重點建設(shè)的高水平大學(xué)行列,。

2006年,，教育部和江蘇省再次簽訂重點共建南京大學(xué)的協(xié)議。

2009年10月,，南京大學(xué)仙林校區(qū)啟用,，原浦口校區(qū)移交金陵學(xué)院。仙林校區(qū)按規(guī)劃和鼓樓校區(qū)協(xié)作分工,，將成為南京大學(xué)主校區(qū),。

2009年12月30日,，南京大學(xué)在原有的物理學(xué)系、電子科學(xué)與工程系和材料科學(xué)與工程系的基礎(chǔ)上,，新組建成立了物理學(xué)院,、電子科學(xué)與工程學(xué)院、現(xiàn)代工程與應(yīng)用科學(xué)學(xué)院,，實現(xiàn)文理工醫(yī)四大學(xué)科領(lǐng)域協(xié)調(diào)發(fā)展,。

2011年，教育部和江蘇省簽署協(xié)議繼續(xù)重點共建南京大學(xué),。

2016年5月,，國務(wù)院辦公廳印發(fā)《關(guān)于建設(shè)大眾創(chuàng)業(yè)萬眾創(chuàng)新示范基地的實施意見》，南京大學(xué)入選成為首批4個高校和科研院所雙創(chuàng)示范基地之一,。